في عالم مدمر، آخر مستوطنة للبشرية متبقية في اليابان هي مدينة طوكيو 3 شديدة التحصين. تم إحضار “شينجي إيكاري” البالغ من العمر أربعة عشر عامًا إلى مقر “نيرف“، وهي منظمة سرية يقودها والده المنفصل عنه “غيندو“. يطلب من “شينجي” أن يصبح طيارًا لـ”إيفانجيليون“، وهو روبوت ضخم تم بناؤه لمحاربة المخلوقات الفضائية الوحشية والمدمرة المعروفة باسم “الملائكة” والتي تدمر الكوكب وتهدد بقاء الجنس البشري. على الرغم من تردده في البداية، إلا أن “شينجي” يتأثر بفكرة إصلاح الوضع مع والده، ويوافق على المساعدة في مسعى البشرية المحفوف بالمخاطر ضد التهديد من الفضائيين، كطيار للـ”إيفانجيليون” التي تدعى “الوحدة 01“. في خضم ساحة معركة خطيرة، يجب على “شينجي” أن يجد الشجاعة والعزم اللازمين لمواجهة غارات الملائكة قبل فوات الأوان.