بعد محاولة “نيرف” الفاشلة لاستعادة رمح “لونغينوس” وتنفيذ مشروع الآلات البشرية، تم تجنب الدمار الناجم عن التأثير الرابع إلى حد كبير. في حالة من الفوضى، يسافر “شينجي إيكاري” و”أسكا لانجلي شيكينامي” و”ري أيانامي” إلى “القرية 3“، وهي مستوطنة ناجية غير مدمرة. هناك، يتعايش “شينجي” ببطء مع ماضيه، ويطور حياة مختلفة تمامًا عن أيامه كطيار “إيفانغيليون“. في الوقت نفسه، تقوم “نيرف” بالاستعدادات لمواصلة مشروع الآلات بالاعتماد على تأثير جديد. عندما وصلت البارجة الجوية الرئيسية الخاصة بـ”ويل” إلى القرية، قرر “شينجي” الصعود على متنها، معتقدًا أنه يستطيع المساعدة من خلال قيادة “إيفانغيليون“. مع الكشف عن أسرار جديدة واقتراب معركة بين “ويل” و”نيرف“، فإن مستقبل الأرض معلق بينهما. هل يستطيع “شينجي” إنقاذ البشرية وبقية العالم للمرة الأخيرة ؟