أربعة عشر عامًا بعد التأثير الثالث، أصبحت الأرض أرض قاحلة ومدمرة تماما، والحضارة البشرية في حالة خراب، والناس الذين يعرفهم “شينجي إيكاري” لا يمكن التعرف عليهم تقريبًا. بعد أن كان محاصرًا داخل “الوحدة 01“، تم إنقاذه من الفضاء بواسطة “أسوكا لانجلي شيكينامي” و”ماري ماكينامي“، فقط ليجد نفسه سجينًا لـ”وييل“، أسطول عسكري بقيادة ولية أمره السابقة “ميساتو كاتسوراغي“. يشعر حلفاءه السابقون بالريبة والمرارة، ويرفضون دعمه عندما يرغب في التعامل مع عواقب أفعاله.. “راي أيانامي” تنقذ “شينجي” المتألم والمرتبك من “وييل” وتعيده إلى مقر “نيرف“. هناك، يلتقي سريعًا مع “كاورو ناجيسا” الغامض ويصادقه. يقدم له الدفء والبصيرة في حالة حرب “نيرف” مع الملائكة. لكنها فترة راحة قصيرة لـ”شينجي” و”كاورو” حيث هناك معركة جديدة قادمة سيجد فيها “شينجي” أن أعداءه لم يعودوا الملائكة بل رفاقه السابقين. في هذه المواجهة المريرة لتحديد مستقبل العالم، سيتعلم “شينجي” بشكل مباشر أن الماضي لا يمكن التراجع عنه.