في عام Cosmic Era 0071، ظلت مستعمرة الفضاء هليوبوليس محايدة في الحرب الكبرى التي تدور رحاها عبر المجرة بين المنسقين، والبشر الذين تغيرت سماتهم البيولوجية قبل الولادة، والأشخاص الطبيعيين، الأشخاص غير المتغيرين الذين بقوا على كوكب الأرض. دفعت كراهية الطبيعة العميقة للمنسقين الكائنات المتقدمة إلى الفضاء بحثًا عن مأوى في مستعمرات من صنع الإنسان. كيرا ياماتو هو منسق وطالب جامعي في هليوبوليس، عندما تتعرض حياته للفوضى عندما تهاجم ZAFT، المنظمة العسكرية المكونة من منسقين متمردين، المستعمرة في محاولة لسرقة مجموعة من خمس بدلات عسكرية متنقلة حديثة تُعرف باسم Gundams. بينما تمكنت ZAFT من الانطلاق بأربع بدلات متحركة، تسيطر كيرا على Gundam النهائي، The Strike. بعد النجاة من المعركة، ينضم كيرا وأصدقاؤه من الكلية إلى طاقم سفينة Archangel، وهي سفينة يديرها تحالف الأرض، ويختبر الجنود الشباب أهوال الحرب والخسارة التي تأتي معها.