قامت مجموعة غامضة من النينجا بشن هجوم مفاجئ على قرية كونوهاجاكوري، مخلفة وراءها أضراراً جسيمة وتهديداً محتملاً لنشوب حرب شينوبي جديدة. في هذا الوقت، يظهر ساسكي للمرة الثانية أمام ناروتو، الذي يحاول لا يزال البحث عنه كنينجا مفقود من كونوها ويسعى للقضاء على شقيقه إيتاشي، وذلك في مكان غير معروف بهدف منع حدوث المأساة.