عندما يستيقظ أنوبيس، وهو كائن شرير قديم، يتوجب على يوجي، الذي سبق وأن تغلب عليه منذ آلاف السنين، استخدام مهاراته وعزمه في سبيل إنقاذ العالم من شره مرة جديدة. تدور الأحداث حول (يوجي) طالب المدرسة الثانوية الذي يعشق كغيره من أبناء جيله لعبة وحوش المبارزة، إحدى ألعاب الكروت ذائعة الصيت في المدينة. ينضم يوجي ولاعبون آخرون إلى بطولة مبارزة الوحوش في مدينة المعارك، إلا أنهم يكتشفون اكتشافًا مذهلاً؛ إذ يجدون أن اللعبة تضم بين بطاقاتها بطاقات ذات قوى خارقة للطبيعة. تبعث البطاقات روح الشر (آنوبيس) للحياة مرة أخرى قادمة من مصر القديمة سعيًا إلى السيطرة على الأرض، فيكون على (يوجي) أن يستخدم مهاراته ويعقد العزم على تخليص العالم من تلك الروح الشريرة إلى الأبد.