تدور احداث القصه بعد 7 سنوات من من احداث الحلقه الاخيره من يوغي يو (اي بعد ذهاب الفرعون) عن أكاديميه المبارزه التابعه لمؤسسه كايبا حيث تستقبل الاكاديميه في كل عام الطلاب لتعليمهم المبارزه وكل شيء عنها. وفي هذا العام يقرر بطل القصه (Jaden Yuki) الالتحاق بالاكاديميه و في طريقه يلتقي ببطل العالم للمبارزه يوغي موتو وعندها يعطي يوغي بطاقه كوريبو المجنح لجيدن ويصبح بطاقته المفضله. وتبدأ مغامرات جيدن اصدقائه في اكاديميه المبارزه التي تخبئ بين جدرانها في كل يوم مفاجئه ومغامره جديده.