في الموسم الجديد من FLCL مرت العديد من السنوات منذ مشاركة Naota و Haruhara Haruko معًا. وفي الوقت نفسه ، فإن الحرب بين الكيانين المعروفة باسم الميكانيكا الطبية و الأخوة تتصاعد عبر المجرة. فتاة صغيرة في سن المراهقة تعتقد أنه لا يوجد شيء مدهش لتوقعه من متوسط عمرها حتى يصل مدرس جديد اسمه Haruko إلى مدرستها. بعد فترة وجيزة ، تهاجم مدينتها وتكتشف هيدومي سراً داخلها يمكن أن ينقذ الجميع.