في عام 2029، تحولت مدينة "نيهاما" إلى حاضرة متطورة تقنياً؛ فبفضل التقدم الهائل في مجال التقنيات السيبرانية، أصبح بإمكان السكان استبدال أطرافهم بأجزاء آلية (روبوتية). وفي ظل عالم يزداد ترابطاً يوماً بعد يوم، تتولى "الفرقة التاسعة للأمن العام" في المدينة مسؤولية مكافحة الفساد والإرهاب وغيرهما من التهديدات الخطيرة الناجمة عن هذا التحول نحو العولمة. تتولى الرائد "موتوكو كوساناغي" -وهي شخصية قوية الإرادة تنتمي للفرقة التاسعة- قيادة التحقيق في قضية تتعلق بقرصان إلكتروني غامض يُعرف باسم "سيد الدمى" (Puppet Master)، والذي يترك وراءه سلسلة من الضحايا الذين جُرّدوا من ذكرياتهم. ومثل الكثيرين في هذا العالم المستقبلي، فإن جسد "سيد الدمى" آلي بالكامل تقريباً، مما يمنحه قوة هائلة. وبينما تتعقب "موتوكو" وفريقها هذا المجرم الغامض، تبدأ أطراف أخرى -بما في ذلك "الفرقة السادسة"- في التدخل، مما يضع "موتوكو" أمام تعقيدات بالغة لهذه القضية. وبينما تغوص في التفكير في تساؤلات فلسفية شتى، مثل معنى حياتها الخاصة، تدرك "موتوكو" أن الشخص الوحيد القادر على تقديم الإجابات هو "سيد الدمى" نفسه.