تبدأ قصة الملاذ الأخير في منطقة برستال في أحد المدن الحضارية حيث يعيش الفتى اليتيم كالوس فالكا وصديقته اليتيمة الأخرى منذ الصغر لافي هد والذين يعملان كموظفي نقل الشحن والطرود مثل ما كان أبويهما يعملان معا بنفس العمل وأيضا بنفس الطائرة العتيقة التي كانا يستخدمانها الفان شيب. لكنهما والداهما للأسف ماتا أثناء رحلتهما عبر الجراند ستريم ولهذا وعد كلاوس ولافي معا إلى الأبد على أن يذهبا إلى هذا الطريق الخطير بنفس الطائرة وذلك لكي يحقق حلم أبويهما في اجتياز ذلك الطريق الصعب بنجاح.