في عام Cosmic Era 0071، أدى شجار في زمن الحرب بين بدلتين متنقلتين إلى تدمير بلد محايد. يجد شين أسوكا عائلته بأكملها تُقتل كضحايا للعنف، ويقسم حياته على السعي للانتقام من القوى الطبيعية للأرض، تحت الانطباع بأنهم هم المسؤولون عن وفاة عائلته. يشق Shinn طريقه عبر القوات العسكرية لـ ZAFT، ليتمكن في النهاية من الوصول إلى قمرة القيادة الخاصة بالنموذج الأولي لبدلة Impulse المحمولة. يجد أثرون زالا، أحد المحاربين القدامى في الحرب الأخيرة والذي يعمل في خدمة الدبلوماسي كاغالي يولا آثا، نفسه منجذبًا إلى صراع جديد بين الطبيعيين والمنسقين: البشر الذين تم تعزيزهم بشكل مصطنع قبل الولادة وكرههم الطبيعيون لمزاياهم البيولوجية. بينما تطل الحرب الجديدة برأسها ويصبح العنف أمرًا لا مفر منه، يجد أثرون نفسه مرشدًا للشين المرير. يجب على أثرون أن يقود الطيار الشاب نحو عقلية الرحمة قبل أن يستهلكه غضبه ورغبته في الانتقام.