تنطلق القصة في عالم تمزقه الصراعات وظواهر غامضة مرتبطة بفراغ أو فضاء معزول يُعرف بـ "Zekkai" (العالم المنعزل / الفراغ البعيد). في هذا العالم، لا تمثل بطاقات "باتل سبيريتس" مجرد لعبة طاولة تنافسية، بل هي وسيلة للاتصال بقوى الأرواح والوحوش واستدعائها للدفاع، البقاء، والقتال ضد تهديدات خارقة للعادة.