تدور أحداث القصة على جزيرة، حيث بدأ «نظام Fractale» في الانهيار. في أحد الأيام، يجد كلاين فتاة مصابة تدعى فراين تحت منحدر. تختفي وهي تترك قلادة. تنطلق Clain في رحلة مع الصورة الرمزية Nessa التي تشبه الفتاة للبحث عن Phryne واكتشاف سر نظام Fractale.